Lembaga Pendidikan Al-Qur’an Sultan Agung (LPASA) merupakan salah satu lembaga yang bergerak dibidang pengembangan pendidikan Al-Qur’an, diantaranya Taman Kanak-kanak Al-Qur’an (TKA), Taman Pendidikan Al-Qur’an (TPA), Ta’limul Qur’an lil Aulad (TQA), Corp Dakwah Al-Qur’an, Tahfidzul Qur’an dan Tartilul Quran dan Tilawatil Qur’an.
Dilatarbelakangi oleh keprihatinan karena semakin berkurangnya umat Islam yang mampu membaca Al-Qur’an, maka para tokoh masyarakat Pleret sepakat mendirikan Taman Pendidikan Al-Qur’an Sultan Agung pada tanggal 4 Juni 1991.
Sambutan masyarakat ternyata sangat baik, terbukti dengan banyaknya santri yang mendaftarkan di TPA baru ini. Semakin lama lembaga ini semakin berkembang. Kalau pada awalnya hanya menyelenggarakan jenjang TPA, maka tahun-tahun berikutnya mulai membuka jenjang TKA, TQA, TKAL, TPAL, Kursus qiro’ah bahkan Corps Da’wah Al-Qur’an serta Tahfidzul Qur’an.
Untuk memperkuat eksistansi dan harapan lebih mengembangkan lembaga ini, maka pada tanggal 03 September 2001 dibentuklah Yayasan Sultan Agung Hanyakrakusuma yang terdiri dari pendiri lembaga serta tokoh-tokoh masyarakat dan agama yang peduli dengan pendidikan islam di bumi Pleret. Sebagai kepengurusan terdiri dari :
Ketua I : Bp. Haryana (Alm)
Ketua II : Bp. H. Iskandar (Alm)
Sekretaris I : Bp. Ismail, A.Md
Sekretaris II : Bp. Bambang Dwiyana
Bendahara I : Ibu Hj. Ratmini (Alm)
Bendahara II : Bp. Sunarto, S. Pd.
Dari kepengurusan tersebut masih terdapat 20 orang sebagai Anggota Yayasan dan Penasehat Yayasan yang bermusyawarah 1 bulan sekali atau disesuaikan dengan kebutuhan yang ada.
Gempa bumi 27 Mei 2006 membawa dampak yang sangat hebat, kantor, ruang kelas dan fasilitas yang ada hancur rata dengan tanah. Namun selalu ada hikmah di balik setiap rencana Allah swt., termasuk pasca gempa bumi hebat tersebut. Dengan ghiroh, tekad kuat, dan sinergi dengan sesama aktivis Qur’ani juga lembaga-lembaga terkait, kegiatan belajar-mengajar dapat segera terlaksana meski hanya menggunakan tenda-tenda pengungsian. Namun tidak lama berselang, TPA Sultan Agung memperoleh bantuan dari LPPTKA – BKPRMI DKI Jakarta untuk dapat mendirikan ruang semi permanen guna difungsikan sebagai kelas.
Lebih 3 tahun setelah bencana gempa bumi terjadi, Alhamdulillah sekarang telah diperbaharui sebuah gedung TPA Sultan Agung yang lebih layak sehingga KBM dapat kembali berjalan normal.
Selama 19 tahun perjalanan, LPASA mengalami dinamika yang beraneka ragam. Namun secara umum, lembaga ini dapat bertahan dalam segala macam keadaan bahkan dapat mengukuhkan eksistensinya sebagai lembaga yang kuat dan berkarakter. Setelah gempa 2006 silam, LPASA bahkan seakan menemukan energinya kembali. Setelah Panitia Pembangunan (Yayasan Sultan Agung Hanyakrakusuma) bekerja keras, bersinergi dengan masyarakat akhirnya terbangunlah sebuah Gedung yang cukup megah di atas tanah seluas 331m2.
TPA Sultan Agung Pleret 